Hyobin Kim

이 글은 내가 박사과정 연구를 위해 Obsidian 볼트를 어떻게 설계하고 있는지 정리하는 시리즈의 1편이다. 내가 만들고 싶은 것은 예쁜 노트 앱이 아니라, 논문, 질문, 개념, 아이디어, 프로젝트가 서로 연결되는 개인 연구 데이터베이스다. Obsidian 자체가 전통적인 graph database는 아니지만, 노트, 메타데이터, 링크, Dataview를 조합하면 충분히 지식그래프처럼 작동하는 연구 운영 환경을 만들 수 있다.

• 1편: 전체 구조와 운영 원칙
• 2편: 문헌 DB에서 질문 노드와 개념 노드로 연결하기
• 3편: PhD Dashboard와 프로젝트 허브로 실행 레이어 만들기

현재 볼트는 의료 AI 박사과정의 실제 작업 흐름을 기준으로 설계되어 있다. 중심 프로젝트는 MapOMOP, KG Agent, ToF, ECGFM 네 가지이고, 여기에 제안서 작업과 랩 운영 업무까지 함께 들어간다. 그래서 이 구조의 핵심은 노트를 많이 만드는 것이 아니라, 시간이 지나도 연구 사고의 흐름을 복원할 수 있는 구조를 만드는 데 있다.

이 시스템이 해결하려는 문제

박사과정 연구에서는 정보가 한 덩어리로 들어오지 않는다. 논문, 회의, 아이디어, 실험 로그, 프로젝트 자료, 제안서 초안이 서로 다른 시점과 형식으로 쌓인다. 문제는 자료가 없어서가 아니라, 같은 맥락을 다시 꺼내 쓰기 어렵다는 데 있다.

연구 노트가 쌓이기만 할 때 생기는 문제

연구를 하다 보면 아래의 층위가 쉽게 뒤섞인다.

• 내가 읽은 것
• 내가 아직 모르는 것
• 내가 이해한 것
• 내가 해볼 만하다고 판단한 것
• 내가 지금 실제로 실행 중인 것

이 다섯 층위가 한 폴더와 한 노트 형식 안에서 섞이면 노트는 많아지지만 연구는 축적되지 않는다. PDF는 쌓이는데 질문은 남지 않고, 회의록은 늘어나는데 프로젝트의 판단 근거는 흩어진다. 시간이 지나면 “그때 왜 그렇게 생각했는지”를 다시 복원하는 비용이 커진다.

내가 원하는 결과는 검색 가능한 사고 흐름이다

그래서 이 볼트가 해야 하는 일은 분명하다.

1. 외부 자료를 저장하는 것에서 끝나지 않고, 질문과 개념으로 승격시킬 것
2. 프로젝트가 바뀌어도 재사용할 수 있는 지식을 남길 것
3. 대시보드는 데이터를 복제하지 않고, 기존 노트를 다시 보여주는 뷰 역할만 할 것
4. 연구의 현재 상태와 장기 축적을 한 시스템 안에서 함께 관리할 것

즉, 이 구조의 목표는 정리된 사람처럼 보이는 것이 아니라, 나중에도 다시 쓸 수 있는 연구 사고 흐름을 남기는 것이다.

현재 볼트를 레이어로 나누면

현재 사용하는 최상위 구조는 아래와 같다.

00_System/
01_Maps/
02_Sources/
  Papers/
  Publications/
  Reviews/
  Datasets/
  Tools/
03_Concepts/
  Methods/
  Clinical/
  Data/
  Evaluation/
  Questions/
04_Projects/
  MapOMOP/
  KG Agent/
  ToF/
  ECGFM/
  Proposals/
  Lab Ops/
05_Prompts/
06_Logs/
  Daily/
  Weekly/
  Meetings/
  Reading/
07_Ideas/
  Seeds/
  Experiments/
90_Inbox/
_Templates/
_Attachments/

이 구조는 보기 좋게 분류한 폴더 트리가 아니라, 입력에서 실행까지 이어지는 연구 파이프라인이다.

입력과 정제를 담당하는 레이어

입력과 정제 레이어는 90_Inbox, 02_Sources, 06_Logs다.

• 90_Inbox는 빠르게 캡처하는 임시 공간이다.
• 02_Sources는 논문, 리뷰, 데이터셋, 도구, publication 같은 외부 자료를 구조화해서 저장하는 공용 데이터베이스다.
• 06_Logs는 데일리, 위클리, 미팅, 읽기 기록처럼 시간 맥락을 남기는 층이다.

여기서 중요한 점은 로그와 소스를 최종 보관소로 착각하지 않는 것이다. 로그는 맥락을 남기고, 소스는 근거를 저장한다. 하지만 질문과 개념은 별도의 레이어로 올라가야 장기 자산이 된다.

질문과 개념을 축적하는 레이어

지식이 오래 살아남는 공간은 03_Concepts다. 여기에는 Methods, Clinical, Data, Evaluation, Questions가 있다.

• Questions는 반복해서 등장하는 연구 미지수를 모아두는 곳이다.
• Methods, Clinical, Data, Evaluation은 프로젝트를 넘어 재사용되는 이해를 쌓는 곳이다.

특히 Questions 폴더를 별도로 둔 것이 이번 구조에서 핵심이다. 논문을 읽다가 반복해서 부딪히는 미해결 문제를 질문 노드로 승격시키면, 나중에 여러 프로젝트와 여러 논문이 같은 질문을 중심으로 다시 연결된다.

아이디어와 실행을 연결하는 레이어

실행 레이어는 07_Ideas, 04_Projects, 01_Maps다.

• 07_Ideas는 아직 프로젝트가 되기 전의 가설과 실험 방향을 모은다.
• 04_Projects는 실제 실행 단위다. 각 프로젝트는 허브, 미팅, 마일스톤, 자료 노트를 가진다.
• 01_Maps는 전체를 조망하는 상위 뷰다. 지금은 PhD Dashboard와 Literature Dashboard 두 개만 유지하고 있다.

상위 맵을 최소화한 이유도 분명하다. 대시보드가 많아질수록 보기 쉬워지는 것이 아니라, 어디로 들어가야 할지 더 헷갈리기 때문이다.

[사진 삽입 위치 1] Obsidian 볼트 전체 폴더 구조 또는 Start Here 문서 스크린샷

캡션 예시: 입력 레이어, 지식 레이어, 실행 레이어를 분리한 박사연구용 Obsidian 볼트 구조.

지식그래프처럼 동작하게 만드는 최소 규칙

이 볼트가 그냥 폴더 모음이 아니라 지식그래프처럼 작동하려면, 메타데이터와 링크의 역할을 분리해야 한다. 내가 지금 사용하는 기준은 아래와 같다.

속성, 링크, 태그의 역할을 분리한다

이 구분이 중요한 이유는 서로 다른 것을 서로 다른 계층에서 다뤄야 그래프가 오래 버티기 때문이다. 프로젝트명은 속성에 들어가야 Dataview 필터가 쉬워지고, 질문은 태그가 아니라 노드가 되어야 여러 근거를 묶을 수 있다.

노트 하나에는 역할 하나만 둔다

논문 노트는 논문 노트여야 하고, 질문 노트는 질문 노트여야 하며, 프로젝트 허브는 프로젝트 허브여야 한다. 하나의 노트가 여러 역할을 동시에 하도록 두면 Dataview 쿼리도 복잡해지고, 나중에 내용을 분해하기도 어려워진다.

그래서 지금은 최소한 아래 역할을 분명히 나눠서 운영한다.

• paper: 외부 근거를 정리하는 노트
• question: 반복해서 등장하는 미지수를 정리하는 노트
• concept: 프로젝트를 넘어 재사용할 개념 노트
• idea: 아직 실행 전인 가설과 방향
• project: 실행 단위 허브
• publication: 이미 낸 성과 기록
• meeting, material, milestone: 프로젝트 운영 기록

노트 생애주기: 캡처에서 실행까지

이 구조에서 노트는 보통 아래 순서로 이동한다.

1. 떠오른 생각이나 자료를 90_Inbox에 빠르게 넣는다.
2. 외부 자료라면 02_Sources의 적절한 데이터베이스로 보낸다.
3. 같은 미지수가 반복되면 03_Concepts/Questions에 질문 노트를 만든다.
4. 반복해서 쓰게 되는 이해는 03_Concepts의 개념 노트로 승격한다.
5. 실행해볼 만한 방향은 07_Ideas에서 가설로 정리한다.
6. 실제 업무 단위가 되면 04_Projects의 프로젝트 허브와 연결한다.
7. 06_Logs에는 일시적인 맥락을 남기되, 장기 지식은 적절한 레이어로 옮긴다.

이 흐름의 핵심은 “한 번 적고 끝내는 노트”를 줄이는 데 있다. 논문 요약이 질문으로 이어지고, 질문이 개념과 아이디어로 이어지고, 다시 프로젝트 실행으로 이어져야 지식이 축적된다.

[사진 삽입 위치 2] Inbox -> Papers -> Questions -> Concepts -> Ideas -> Projects 흐름도 또는 그래프 뷰 스크린샷

캡션 예시: 캡처된 자료가 장기 지식과 실행 단위로 이동하는 노트 생애주기.

이 구조가 personal knowledge DB로서 주는 효과

지금 구조에서 가장 큰 장점은 세 가지다.

첫째, 프로젝트가 바뀌어도 지식이 남는다. 논문과 개념과 질문은 특정 프로젝트의 하위 첨부물이 아니라, 공용 데이터베이스에 저장되기 때문이다.

둘째, 같은 질문을 여러 근거와 연결할 수 있다. 박사과정 연구는 주제가 자주 겹치기 때문에, 질문 노드가 있어야 문헌과 회의와 아이디어를 한 축에서 다시 읽을 수 있다.

셋째, 대시보드가 실제 조종석 역할을 한다. 상위 화면은 데이터를 새로 적는 곳이 아니라, 기존 노트를 다시 조합해서 보여주는 곳이기 때문에 유지비가 낮다.

결국 이 구조는 “노트를 정리하는 방법”이라기보다, 박사과정의 사고 흐름을 장기 자산으로 남기는 방법에 가깝다.

마무리

이번 글에서는 Obsidian 볼트를 왜 지식그래프형 personal knowledge DB로 설계하는지, 그리고 그 구조가 어떤 레이어로 나뉘는지 정리했다.

다음 글에서는 이 구조 중에서도 가장 자주 열게 되는 02_Sources/Papers와 Literature Dashboard를 중심으로, 논문이 어떻게 질문 노드와 개념 노드로 이어지는지 구체적으로 정리해보려 한다.